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Si vous voulez  regarder les images tout en écoutant "Magenta" de Arno Cost et Arias
cliquer sur le lien suivant vers Youtube avec le clic droit et en sélectionnant "ouvrir dans un nouvel onglet" 
http://fr.youtube.com/watch?v=gWpm-BeLGQI&feature=related

If you want to listen to "Magenta" by Arno Cost and Arias, click upon the folowiing adress with the rigth click of the mouse and select "open a new window"
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 Biologie
Les documents ci-dessous sont classés du plus récents au moins récents donc du plus compliqué au moins compliqué.


Construire une liaison peptide (mot clef angle de torsion, dihèdre, dyhedral,
Angle dièdre de l'ossature d'une protéine)
Build a peptide link





Construire le tétrahèdre tronqué avec ses deux rapporteurs, découper les deux plans plats de la liaison peptide, y insérer un cure-dent (pour plus de facilité on ne représente que trois des quatre liaisons hydrogènes du carbone):
Build the truncated tetrahedra with the two protractors, cut the two flats plans containing the peptide bond, insert a tooth pick as below :


L'angle phi et psy se mesurent à partir d'un plan de référence représenté cis-dessous :
Quand on regarde vers phi les deux carbones se voient en enfilade, quand on regarde vers psy ce sont les deux azotes qui sont en enfilade.
The angles phi and psy are measured according to a plan of refrence as shown below.
When one looks towards Phi, the two carbon atoms are in a line, when one lokks toward Psy that's the turn os the two azote atome to be in line.
Wikipedia says :
The planarity of the peptide bond usually restricts ω to be 180° (the typical trans case) or 0° (the rare cis case). The distance between the Cα atoms in the trans and cis isomers is approximately 3.8 and 2.9 Å, respectively. The cisPropeptide bonds (where Xaa is any amino acid).
isomer is mainly observed in Xaa-



AInsi pour Phi = 180°, il faut tourner le plan de la liaison peptide de 180° dans le sens des aiguilles d'une montre, pour que psy = 180 ° on fait pareil.
For phi = 180 ° one has to turn the peptide plan (on the left) of this angle in the clockwise direction. For psy = 180 ° on has to turn the peptide plan (on the right) of the same angle in the same clockwise direction ( as seen from the cenrtal C carbon)


Pour la liaision peptide phi = -60° et psy = -45°, ainsi obtient-on cette charmante petite sculpture :
For the petide bond, phi = -60° and psy = -45°, we therefor obtain the nice folowing sculpture





On trouvera ci-dessous la planche pour faire des pyranoses, cela permet de construire des liaisons osidiques
You can find below a shit to buid pyranoses, in order to represent a glycosidic bond
double pyranose

Liaison osidique de l' amylose/ osidic bond of amylose

amylose





ADENOSINE



Photo représentant l'adénosine (adénine liée au furanose)


Planche pour l'adénine (le cycle à 5 atomes est un imidazole comptant deux azotes, le cycle à 6 atomes est une pyrimidine)..............

L’imidazole
M’interrogeant sur la structure de l’adénine, j’ai découvert que le cycle à 5 atomes s’appelait l’imidazole. Chaque atome est hybridé SP2, donc l’angle est normalement de 120 degrés. Mais cela n’est pas compatible avec un pentagone. L’angle au centre y est de 360/5 soit 72 degrés. Ce qui impose un angle à la périphérie de (180-72) soit 108 degrés. Mais si cela diffère bien des 120 degrés supposés en SP2 en revanche cela coïncide avec les 109 degrés de l’hybridation SP3. De fait c’est la structure du cyclopentane. On peut donc imaginer un hétérocycle à 3 carbones et 2 azotes d’abord hybridés en SP3. En un second temps les hydrogènes ont tendu à se mettre sur le plan de la molécule donc dans le plan équatorial. Ce qui a donné aux liaisons extérieures un angle de 120 degrés. Cela a redressé l’orbitale des électrons qui sont devenues perpendiculaires au plan de la molécule. Elles se sont rapprochées les unes des autres et ont mis leurs électrons en commun devenant ainsi des orbitales pi. Ainsi les orbitales moléculaires ont-elles acquis une structure SP2.

[​IMG]








Construire un Furanose/ build a furanose                                                                                                   

                         

On retourne

         

             


Construire un pyranose / Build a pyranose




  Construire un pyranose

                          


        

              

About the  Equilibrium Constant (K)

(Molecular biology of the cell page 159)

  

 

Consider 1000 molecules of A and 1000 molecules of B. The concentrations of both are about 10-9 M. If the equilibrium constant (K) for A + B <--> AB is 1010 then one can calculate at equilibrium there will be: 270 A molecules, 270 B molecules and 730 AB molecules.
If equilibrium constant is 108 which represents a loss of 2.8 kcal/mol of binding energy there will be: 915 A molecules, 915 B molecules and 85 AB molecules.

Note: this is from a figure in the text trying to explain the equilibrium constant not an actual question.

My problem: where are all of these values coming from? How do you determine the number of molecules present when given only the starting number of molecules and their concentrations? Any insight would help, I'm totally confused. THANKS!

Press on the folowing link to be redirected towards the PDF file where I've put my  answer...

Well it seems to be somekind of a trap. A Gifted genius says something as if it were quite simple, and the less gifted are confused not to understand anything. Natural selection makes the rest : sorrow and anger push the less Gifted ones out of Existence, and the way stands clear for the Gifted ones to multiply....